Windows Defender có chức năng quét hệ thống như các phần mềm miễn phí khác trên thị trường, và bao gồm một số tác tử bảo mật thời gian thực theo dõi sự thay đổi một vài khu vực chung của Windows có thể do bị nhiễm spyware. Nó cũng có khả năng gỡ các ứng dụng ActiveX đã được cài đặt. Ngoài ra việc tích hợp vào mạng SpyNet của Microsoft cho phép người dùng thông báo cho Microsoft những gì họ cho là spyware, và những ứng dụng hay trình điều khiển nào cho phép cài đặt trên hệ thống của họ.